Навскидку:
Yokohama Landmark Tower
Tokyo Tower
Tokyo City Hall
Shibuya road crossing (hachiko-mae)
Rainbow Bridge
Imperial Palace
Вообще в Токио столько всего, что там можно не один месяц проторчать и всего не увидеть.
Рекомендую добраться до Киото и Хиросимы. В первом дофига храмов и Kyoto Tower, во втором - последствия бомбежки и офигенные Torii Gate. Да, countryside в Японии тоже офигенен, но там без языка далеко не уедешь. Самое выгодное по-моему - это купить на месте велик, взять спальник и поездить месячишко куда глаза глядят, оглядываясь на карту периодически.
Ну и вообще, палатка+спальник решают, не надо платить за отель =). Только ставить надо в жопе за городом. Если прикопаются - ты бакагайдзин, ничего не знаешь и по-японски не говоришь.
На фудзи маза лезть или до сезона, или после. Сейчас там очередь от подножия до вершины, особого кайфа имхо нет.