[/b/] [/d/] [/tu/] [/a/] [/ph/] [/wa/] [/cg/] [/t/] [/p/]

[Burichan] [Foliant] [Futaba] [Greenhell] [Gurochan] [Photon] - [Home] [Manage] [Archive]

[Return]
Posting mode: Reply
Leave these fields empty (spam trap):
Name
Link
Subject
Comment
File
Verification
Password (for post and file deletion)
  • Supported file types are: GIF, JPG, PDF, PNG
  • Maximum file size allowed is 20480 KB.
  • Images greater than 200x200 pixels will be thumbnailed.

File: 1372241234164.jpg -(112181 B, 400x300) Thumbnail displayed, click image for full size.
112181 No.93643  

Известно ли на сегодня более-менее достоверно, как именно происходит самосборка вируса внутри клетки? Тут, помнится, был сорт оф эксперт.

>> No.93646  

>>93643
как обычно: в общих чертах да, в деталях нет, поскольку надо моделировать фолдинг вирусных белков при непосредственно рибосомальном синтезе

>> No.93649  

>>93646
Я совсем не биолог, поэтому даже не знаю, то, что меня интересует это "в общих чертах" или "в деталях". Просто как так получается, что из кучи насинтезированных белков, среди которых не только белки вируса, но и белки хозяина, собирается именно тот самый вирус, а не какая-то хуета? Ведь, если вдуматься, он очень сложный. Ну, в смысле, слишком сложный, чтоб это получалось случайно. В теории должно быть дохуя способов, как могут собраться вместе получившиеся вещества, так есть ли какое-то логичное объяснение тому, что их заставляет собраться именно в то, во что надо (да ещё при этом не оставить снаружи свою собственную ДНК/РНК или ещё что-нибудь важное) или всё это неведомая магия и "просто так происходит"?

>> No.93655  

>>93649
ну как, после синтеза или во время него образуется комплекс между вирусным белком и вирусной днк/рнк, далее вирусные белки собираются вместе т.к. комплементарны друг другу и при соединении меняют свою конформацию так что получается готовый вирус, случайно они сталкиваются друг с другом в цитоплазме клетки, а собираются в вирус уже по механизмам комплементарности белков

>> No.93662  

Как устроена эволюция вирусов? Как они адаптируются к вакцинам?

>> No.93664  

>>93662
Так же как и у всего остального, мутации. Внезапно может произойти такая, которая сделает вирус устойчивым к конкретной вакцине.

>> No.93668  

>>93662
>>93664
все верно, только не следует забывать что вакцина это не непосредственно проивовирусный препарат

>> No.93676  
File: 1372299505937.jpg -(31838 B, 422x424) Thumbnail displayed, click image for full size.
31838

>>93649

> Ведь, если вдуматься, он очень сложный. Ну, в смысле, слишком сложный,

Белки из которых собран вирус содержат комплементарные поверхности которые из-за подходящей геометрии, заряда, гидрофобности и других слабых взаимодействий образуют относительно прочные соединения при случайном столкновении.

Высокоспецифичная комплементарность отобралась в результате эволюции, ведь все белки из которых состоит вирус производятся в согласии с генетической информацией, содержащейся в нём (на ДНК и РНК). Если какая-то мутация делает его оболочку более стойкой к внешним воздействиям (анпример обеспечит лучшее связывание белков) то такая мутация распространяется. Вирусы эволюционируют очень быстро потому что количество особей очень высоко => высока скорость перебора конфигураций.

Никакой магии там нет, в результате броуновского (теплового) движения белки перебирают астрономическое число конфигураций, пока не останутся в наиболее энергетически выгодной.

>> No.93693  

>>93655
Ну, по твоему рассказу как раз и выходит, что это как бы случайно. Но именно это меня и смущает. Ведь, если никто этим не "управляет" хоть в какой-то мере, то вариантов должно быть действительно дохуя, в том числе, интуитивно мне кажется вероятным, что комплементарными могут оказаться белки, которые вовсе и не должны были войти в состав вируса.
>>93676
Вот как раз примерно о таком бактериофаге, как на твоей картинке, я и думал, задавая вопрос. Так вот, не слишком ли он сложен, если всё это происходит "как бы случайно"? Я понимаю, как такой трюк может пройти с этим его икосаэдром — кристаллическая структура сильно упрощает задачу, это и правда могло бы быть случайно. Но далее всё становится как-то странно. Как, например, получается, что его собственная (и не какая-то другая) РНК/ДНК оказывается внутри него, а не снаружи? У них же нет связей? Стержень, в свою очередь, довольно простой и потому несколько удивительно, что условия, необходимые для того, чтоб он прикрепился к основе достаточно просты, чтоб он подошёл, но достаточно сложны, чтоб не подошла какая-то левая хуета. У "ножек" и вовсе очень мало возможных параметров, которые могли бы обеспечить "авторизацию" у остального тела, а в то же время это довольно сложный механизм, без которого вирус не будет работать, ведь именно они обеспечивают прикрепление к стенке клетки и обеспечивают её лизис.

>ведь все белки из которых состоит вирус производятся в согласии с генетической информацией, содержащейся в нём (на ДНК и РНК)

Но ведь это не так! Будь там только они, я бы, пожалуй, действительно бы согласился, пусть и неохотно. Но есть ведь и ДНК клетки-хозяина, которая тоже производит кучу всякого добра, и всё это плавает вперемешку внутри клетки. Причём набор веществ внутри каждой конкретной клетки, за счёт мутаций, постоянной эволюции и вообще, достаточно уникален, чтоб вирус не мог "знать заранее", что там окажется и таким образом обеспечить уникальность связей между своими белками.

Конечно, всегда можно предположить, что всё действительно происходит "случайно", а неудачи хоть и случаются, но не распространяются, потому что плохие конфигурации вируса сразу вымирают. И хотя теоретически это так, меня как-то настораживает число возможных конфигураций. Тем более, что, фактически, мы сейчас и обсуждаем тот момент, когда он мутирует, а потому наиболее жизнеспособными будут те мутации, которые впоследствии сделают вирус невосприимчивым к интерферонам и помогут таранить новые клетки. Я, к сожалению, не могу посчитать на самом деле, но число интуитивно число конфигураций мне кажется намного большим, чем можно перебрать за счёт броуновского движения.

>> No.93697  

>>93693

>Ведь, если никто этим не "управляет" хоть в какой-то мере, то вариантов должно быть действительно дохуя, в том числе, интуитивно мне кажется вероятным, что комплементарными могут оказаться белки, которые вовсе и не должны были войти в состав вируса

выше уже расписали подробно, случайны только столкновения, химическая кинетика как ни крути

>> No.93698  

>>93693

>"как бы случайно"

они же комплементарны друг другу с очень высокой степенью избирательности, другие белки просто не обзразуют прочной связи

>Как, например, получается, что его собственная (и не какая-то другая) РНК/ДНК оказывается внутри него, а не снаружи? У них же нет связей?

есть, образуется белок-нуклеиновый комплекс опять же с высокой степенью избирательности что клеточные фрагменты нуклеиновых кислот не образуют столь прочных связей

>ведь именно они обеспечивают прикрепление к стенке клетки и обеспечивают её лизис.

лизис уже обеспечивает внутриклеточное развитие вируса

>Причём набор веществ внутри каждой конкретной клетки, за счёт мутаций, постоянной эволюции и вообще, достаточно уникален, чтоб вирус не мог "знать заранее", что там окажется и таким образом обеспечить уникальность связей между своими белками.

а это ему "знать" и не нужно, главное чтобы собственные белки были высокоизбирательны при связи с другими

> а неудачи хоть и случаются, но не распространяются, потому что плохие конфигурации вируса сразу вымирают.

да, но эти неудачи и так довольно редки

>> No.93699  
File: 1372350568524.jpg -(264396 B, 1116x881) Thumbnail displayed, click image for full size.
264396

>>93693

>ДНК клетки-хозяина, которая тоже производит кучу всякого добра, и всё это плавает вперемешку внутри клетки.

Если мы говорим о Т4, паразитирующем на бактерии e.coli, то это так, а для вирусов паразитирующих на эукариотических организмах (в т.ч. человеке) это не так - ДНК упакована в хроматине в ядре.

>достаточно просты, чтоб он подошёл, но достаточно сложны,

Это всё не количественные рассуждения, от них мало толку на этом уровне. Нужно понимать что длина белков часто составляет сотни и тысячи аминокислотных остатков, количество возможных белков длины N равно 20^N (20 - количество аминокислот). Так вот, даже короткий белок может содержать большое количество информации в своей структуре и паттернах слабых взаимодействий, чтобы его можно было отличить от других белков.

Если тебе настолько интересны конкретные детали самосборки фага Т4, почитай источники вот отсюда:

http://en.wikipedia.org/wiki/Enterobacteria_phage_T4

http://www.farisaka.bio.titech.ac.jp/text/CMLS-Leiman-20031.pdf

Вот это через sci-hub, например
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14625682
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22420853

Его геном прочитан, вот:
http://mmbr.asm.org/content/67/1/86.full.pdf
Полные последовательности доступны для просмотра и скачивания здесь:
http://phage.ggc.edu/

Для части его белков известны структуры.
Например, капсид состоит из белков gp23*, gp24*, gp20

Структура gp23 известна, ты можешь посмотреть как он выглядит и подумать о том как он работает: http://pfam.sanger.ac.uk/structure/1YUE

Если тебе интересна биология, тебе может помочь этот список литературы: pastebin.com/sjj4EsrD

Слева: генокарта бактериофага Т4.

>> No.93700  
File: 1372351013115.gif -(105621 B, 648x824) Thumbnail displayed, click image for full size.
105621

Вот ещё хорошая статья по Т4

http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya/contents/v69/pdf/bcm_1190.pdf

>> No.93819  

>>93698>>93699>>93700
Спасибо, весьма исчерпывающе.

>> No.98498  

103



Delete Post []
Password

[/b/] [/d/] [/tu/] [/a/] [/ph/] [/wa/] [/cg/] [/t/] [/p/]